In Alma Mater übernehmen die Spieler die Rolle des Rektors einer aufstrebenden Universität während der Renaissance. Das Ziel ist es, die beste und ruhmreichste Bildungsinstitution zu werden. Um dieses Ziel zu erreichen, müssen hervorragende Studenten und hoch qualifiziertes Lehrpersonal aus unterschiedlichen Fachbereichen gewonnen und Wissen mit anderen Universitäten ausgetauscht werden.